Die Geschäftsstelle ist die Drehscheibe von IGAKIS und operiert im Auftrag der IGAKIS Genossenschaft. Sie fungiert als moderner IT-Generalunternehmer, d. h. sie unterstützt ihre Genossenschafter bei der Umsetzung von IT-Projekten sowie bei der Sicherstellung und Wartung ihrer IT-Branchenlösung AKIS.
Darüber hinaus unterhält die IGAKIS Geschäftsstelle ein modernes Netzwerk verschiedener Services (sedex Kommunikationsplattformen, Reverse Proxy Server) und bietet Schulungen sowie Workshops für ihr Produkt AKIS an. Hinzu kommt ihr aktives Engagement in den Vereinen eAHV/IV und Swissdec sowie in den Kommissionen und Arbeitsgruppen des BSV durch ihre Genossenschafter.